Amber

Amber (Assisted Model Building with Energy Refinement) jest programem chemicznym, zapewniającym wykonywanie obliczeń z dziedziny dynamiki molekularnej. Może być wykorzystywany do modelowania cząsteczek i makrocząsteczek w próżni oraz w roztworach (np. w wodzie). Aplikacja posiada gotową bazę danych z definicjami 20 standardowych aminokwasów, kwasów nukleinowych, w której znajdują się parametry oddziaływania typu atom-atom, ładunki atomowe oraz informacje topologiczne dla podstawowych fragmentów białek i kwasów nukleinowych DNA i RNA.

Amber w CI TASK

• Aktualnie zainstalowana wersja: Amber 8, 9, 11 oraz AmberTools 1.5
• Pakiet jest zainstalowany na komputerze/-ach: Galera, Holk
• Dokumentacja: znajduje się w katalogu instalacji oraz na stronach producenta
• Status licencji: zakupiona przez CI TASK; ważna
• Konsultant CI TASK: Maciej Bobrowski
• Strona producenta: http://ambermd.org/

Ustawienie środowiska:

• csh/tcsh

source /apl/amber/bin/amber.cshrc

• bash

source /apl/amber/bin/amber.basrc

Wysłanie zadania do kolejki:

/apl/amber/bin/amber_submit procesory godziny sander opcje_sandera

np:

/apl/amber/bin/amber_submit 16 12 sander -O -i mdin -x md1.x -o mdout 

Galera

Wersja 11

• Katalog instalacji: /apl/amber/galera/11
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 21.12.2010

Ustawienie środowiska:

source /apl/amber/galera/11/amber.basrc

Wersja 9

• Katalog instalacji: /apl/amber/galera/9
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 28.11.2008

Holk

• Katalog instalacji: /apl/amber/8 i /apl/amber/9
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 26.01.2006 i 29.05.2006

Wersja 8

W celu uruchomienia obliczeń programem sander zaleca się przekopiowanie do swojego katalogu skrytpu /apl/pbs/examples/qsub_amber_mvapich2, wyedytowanie go. W pliku tym należy zmienić:

• wymagane zasoby - liczba nodów, kolejka i czas,
• argumenty (nazwy plików wejściowych/wyjściowych) dla sandera przy końcu pliku

Wersja 9

Ustawienie środowiska:

source /apl/amber/9/amber.cshrc

Równoległe wersje programów sander i pmemd wykorzystują bibliotekę MVAPICH2. Przykładowy skrypt uruchomieniowy: /apl/pbs/examples/qsub_amber9_mvapich2