Gaussian

Gaussian to program przeznaczony do modelowania różnych układów chemicznych oraz do obliczeń dotyczących budowy, struktury i własności molekuł przy użyciu mechaniki kwantowej. Program zawiera programy do konwersji standardowych formatów danych i wyników.

Obliczenia w pakiecie dokonywane są różnymi metodami: półempirycznymi, Hartree-Fock molecular orbital, post, testującymi stabilność funkcji falowej, uwzględniającymi stabilność solwentu. Program może obliczać energię systemów tak dużych jak 378-atomowy związek DNA.

Spis treści 1 Funkcje pakietu 2 Gaussian w CI TASK 2.1 Gaussian na galerze 2.2 Gaussian na holku 2.3 Gaussian na galeonie 3 Zobacz też

Funkcje pakietu

• badania cząsteczek oraz reakcji chemicznych, z uwzględnieniem stanów stabilnych oraz związków nietrwałych, których obserwacje eksperymentalne nie są możliwe (krótko żyjące stany pośrednie oraz struktury przejściowe)
• obliczenia orbitali molekularnych przy użyciu metod półempirycznych i ab initio, na układach w stanie gazowym lub roztworach
• analiza wpływu podstawników, badania mechanizmów reakcji, obliczeń powierzchni energii potencjalnej i energii wzbudzenia
• określanie wielu własności molekuł i reakcji
• przewidywanie struktury molekuł zawierających ponad 100 atomów
• zastosowanie w chemii teoretyczna, chemii eksperymentalna, fizyce, biochemii i farmakologii

Gaussian w CI TASK

• Pakiet jest zainstalowany na komputerze/-ach: galera, holk, galeon
• Dokumentacja: Gaussian 03 Online Manual
• Status licencji: zakupiona przez CI TASK; ważna
• Konsultant CI TASK: Maciej Bobrowski
• Strona producenta: http://www.gaussian.com
• Słowa kluczowe: chemia kwantowa, mechanika kwantowa

Gaussian na galerze

• Aktualnie zainstalowana wersja: 03 rev. E01
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 2008.03.28
• Katalog instalacji: /apl/gaussian/03/e01/em64t/g03

Na Galerze Gaussian może działać tylko na jednym nodzie, w związku z tym może wykorzystać maksymalnie 8 procesory (rdzenie), 7,2 GB pamięci operacyjne i 100 GB lokalnej pamięci dyskowej (/tmp). Zadania można wstawiać do kolejek: "batch" lub "serial". Można do tego celu wykorzystać skrypt:

/apl/gaussian/skr/gau_submit

Aby uniknąć wpisywania całej ścieżki do skryptu należ dodać do swojego pliku rc właściwego dla używanej powłoki następujący wpis Dla bash do pliku ~/.bashrc

source /apl/gaussian/skr/g03.bashrc

Dla tcsh/csh do pliku .cshrc

source /apl/gaussian/skr/g03.cshrc

Po ponownym zalogowaniu można używać polecenia

gau_submit

Gaussian na holku

• Aktualnie zainstalowana wersja: 03 rev. C02
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 2004.06.22
• Katalog instalacji: /apl/gaussian/03/c02

Na Holku Gaussian może działać tylko na jednym nodzie, w związku z tym może wykorzystać maksymalnie 4 procesory (rdzenie), 15,5 GB pamięci operacyjne i 25 GB lokalnej pamięci dyskowej (/tmp1). Zadania należy wstawiać wyłącznie do kolejek jednonodowych: "jeden_nod" lub "dluga". Można do tego celu wykorzystać skrypty:

/apl/gaussian/skr/g03_pbs_jeden_nod
/apl/gaussian/skr/g03_pbs_dluga

Gaussian na galeonie

• Aktualnie zainstalowana wersja: 03 rev. C02
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 2004.06.22
• Katalog instalacji: /apl/gaussian/03/c02

Zobacz uwagi ogólne o korzystaniu z galeona

Zadanie należy wstawic do kolejki 'altix', np. za pomocą skryptu:

/apl/gaussian/skr/qsub_g03_altix nazwa_zadania liczba_procesorow

Zalecana liczba procesorów: 4-8. Należy pamiętać o zmianie %nproc w pliku .com

Zobacz też

• Molden
• GAMESS