SYBYL

Sybyl jest pakietem oprogramowania chemii obliczeniowej, służącym do budowania, modelowania i analizy struktur molekularnych. Pozwala on opisywać i przewidywać zachowanie się molekuł. Zawiera obszerną bibliotekę cząsteczek i fragmentów strukturalnych, z których można składać bardziej złożone struktury. Pozwala też na wprowadzanie własnych cząsteczek lub ich budowanie z jednoczesnym dopasowaniem ich geometrii do danych standardowych.

Przykładowe moduły

• Basic - jest to środowisko graficzne służące do pracy dla pozostałych modułów (przygotowywanie danych wejściowych, wizualizacja danych, wykonywanie podstawowych obliczeń mechaniki i dynamiki molekularnej)
• BioPolymer - zestaw narzędzi do modelowania i analizy (określanie struktury, modyfikacja własności biologicznych) małych cząsteczek oraz biomolekuł (białek, kwasów nukleinowych, cukrów)
• Advanced Computation - umożliwia zaawansowane obliczenia z dziedziny chemii kwantowej, mechaniki i dynamiki molekularnej
• Dynamics - różne algorytmy do symulacji dynamiki molekularnej.
• Moduły uzupełniające:
• Composer - służy do budowania trójwymiarowych modeli białek na podstawie danej sekwencji aminokwasów i analogii do pokrewnych związków
• QSAR ( Quantitive Structure/Activity Relationship ) - posiada zaimplementowane różnorodne techniki do przewidywania aktywności i właściwości cząsteczek w oparciu o ich 3-wymiarową strukturę
• Molcad - do wizualizacji schematu wiązań wodorowych, topologii lokalnej, hydrofobowości i potencjału elektrostatycznego
• Triad - przetwarzanie danych NMR, ich wizualizacja oraz analiza

Status

• Pakiet jest zainstalowany na komputerze: galeon
• Wersja: 7.1,
• Katalog instalacji: /apl/tripos/sybyl7.1
• Pomoc, dokumentacja: dostępna z programu (TriposBookshelf)
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 08.08.2005
• Status licencji: krajowa, prowadzona przez ICM, ważna
• Konsultant TASK: Maciej Bobrowski
• Słowa kluczowe: modelowanie molekularne,biopolimery,dynamika molekularna,białka,kwasy nukleinowe,chemia teoretyczna
• Strona producenta/programu: http://www.tripos.com/