Turbomole

Turbomole - pakiet oprogramowania chemii kwantowej rozwijany przez grupę Prof. Ahlrichsa z Universytetu w Karlsruhe.

Spis treści 1 Status 2 Na holku 3 Uruchamianie 3.1 Informacje ogólne 3.2 Proste uruchamianie w PBS 3.3 Szczegóły 3.4 Przykład 4 Na galerze

Status

• Pakiet jest zainstalowany na komputerach: galera, holk
• Katalog instalacji /apl/turbomole
• Pomoc, dokumentacja: na stronach producenta
• Status licencji: licencja na użytkowanie należy do Wydziału Chemii UG. Dostęp do oprogramowanie mają tylko wyznaczeni użytkownicy.
• Słowa kluczowe: chemia kwantowa
• Strona producenta/pakietu: http://www.cosmologic.de/turbomole.html

Na holku

• Wersja: V5-8-0 30 Nov 2005,
• Katalog instalacji /apl/turbomole/ia64
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 2006-01-06

Uruchamianie

Informacje ogólne

Na pakiet Turbomole składa się kilkanaście osobnych programów, pełniących różne funkacje - czysto obliczeniowe jak i pomocnicze np: konwersja formatów danych. Programy obliczeniowe występują w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zaleca się aby na holku stosować wersje równoległe. Programy Turbomole są dostarczne w wersji binarnej, a wersje równolegle zostały przygotowane przy użyciu biblioteki MPICH i z tej też biblioteki (w wersji na Gigabit Ethernet) Turbomole korzysta na holku.

Proste uruchamianie w PBS

Na początku pracy z pakietem należy wydać polecenie:

source /apl/turbomole/ia64/turbomole_mpi.cshrc

Można takie polecenie dopisać do swojego pliku z ustawieniami środowiska .tcshrc

Następnie za pomocą lokalnego polecenia turbomole_pbs wysyłamy zadanie do kolejki:

turbomole_pbs  [liczba_procesorow [kolejka]]

Szczegóły

Do zwykłego korzystania z Turbomole (TM) w kolejkach powinien wystarczyć skrypt turbomole_pbs, gdyby jednak zachodziła potrzeba innego wykrzystania należy wykonać poniższe kroki:

Ustawić właście ścieżki do programów MPICH:

set path = ( $path /apl/mpi/mpich )

Ustawić zmienną informującą TM aby działał w wersji równoległej:

setenv PARA_ARCH MPI

Ustawić środowisko i ścieżki do TM:

setenv TURBODIR /apl/turbomole/ia64
set path = ( $path $TURBODIR/scripts )
set path = ( $path $TURBODIR/bin/`sysname`)

Zmienną PARA_ARCH należy ustawiać przed wywołaniem polecenia sysname gdyż ustala ona inną nazwę systemu dla MPI i inną dla wersji szeregowej.

Do korzystania z wersji szeregowej wystarczą następujące ustawienia:

setenv TURBODIR /apl/turbomole/ia64
set path = ( $path $TURBODIR/scripts )
set path = ( $path $TURBODIR/bin/`sysname`)

Uwaga: Turbomole nie działa poprawnie z biblioteką MVAPICH korzystającą z InfiniBand

Przykład

Wykorzystujemy jeden z testowych przypadków dostarczanych z TM. Przykład opracowano dla instalacji na Holku dla wersji 5.8.

cp -r /apl/turbomole/ia64/TURBOTEST/rdgrad/long/COAS.RDGRAD.G/ .
cd COAS.RDGRAD.G/

Kopiujemy dostarczony wzorcowy plik sterujący:

cp control.input  control

Przygotowanie środowiska:

source /apl/turbomole/ia64/turbomole_mpi.cshrc

Zlecenie uruchomienia programu rdgrad na czterech procesorach w kolejce test:

turbomole_pbs rdgrad 4 test

Na galerze

• Wersja podstawowa: 6.0
• Katalog instalacji /apl/turbomole/em64t
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 2009-03-11

Środowisko:

• csh/tcsh

source /apl/turbomole/bin/turbomole.cshrc

• bash

source /apl/turbomole/bin/turbomole.bashrc

• Wersja poprzednia: 5.10
• Katalog instalacji /apl/turbomole/em64t/5.10
• Ostatnia aktualizacja pakietu: 2008-11-27