Serwer czasu jest usługą działającą w oparciu o protokół NTP (Network Time Protocol) zdefiniowany w dokumentach RFC 1305 oraz RFC 2030. NTP jest protokołem synchronizacji zegarów w komputerach poprzez łącza internetowe niezależnie od opóźnień transmisji sygnału. Hierachiczny system zegarów atomowych i serwerów czasu umożliwia bardzo dokładną synchronizację czasu na serwerach, stacjach roboczych i wszelkich komputerach podłączonych do sieci.
Serwer prowadzony przez Centrum jest serwerem stratum 2. Serwer jest synchronizowany do serwera vega.cbk.poznan.pl w Centrum Badań Kosmicznych w Poznaniu mającego bezpośredni dostęp do źródła czasu (wzorzec cezowy)
W środowisku Windows konieczne jest zainstalowanie oprogramowania służącego do synchronizacji z serwerem czasu. Konfiguracja tego oprogramowania jest bardzo prosta. Wystarczy podać nazwę maszyny, z którą chcemy się zsynchronizować, np. ntp.task.gda.pl.
W wypadku maszyn opartych o system Unix zsynchronizowanie się z serwerem czasu polega na wydaniu polecenia:
# rdate ntp.task.gda.pl
W różnych systemach uniksowych mogą istnieć rozbieżności, np. w Linuksie konieczne jest dodanie flagi -s (dokładne informacje można uzyskać po wydaniu polecenia: man rdate). Po poprawnym zsynchronizowaniu można taką komendę wywoływać cyklicznie z cron'a.